Do probiotyków należą bakterie produkujące kwas mlekowy, bifidobakterie i drożdże (Saccharomyces boulardi). Produktami fermentacji są niskołańcuchowe kwasy tłuszczowe (octowy, propionowy, masłowy) niezbędne do prawidłowego funkcjonowanie jelit m.in. przez utrzymanie niskiego pH treści jelitowej oraz dostarczanie składników odżywczych (kwas masłowy stanowi główne źródło energii dla kolonocytów). Usunięcie maślanów z jelita prowadzi do obumierania kolonocytów, a ich obecność hamuje rozwój komórek nowotworowych. Obserwowane korzystne działanie kwasu masłowego podawanego we wlewkach na zmiany zapalne końcowego odcinka jelita grubego
Prebiotyki to składniki pożywienia pobudzające wzrost lub aktywność korzystnych szczepów bakterii (np. bifidobakterie). Stosowane najczęściej są oligosacharydy: pochodne fruktozy - inulina, oligofruktoza, fruktooligosacharydy oraz pochodne glukozy – maltooligosacharydy. Są one oporne na trawienie, ulegają fermentacji w przewodzie pokarmowym.
Probiotyki i prebiotyki stosowane razem nazywamy symbiotykami. Wykazują one korzystny wpływ na gojenie się ran, różnicowanie komórek i przemianę materii w komórkach jelita. Działają one nie tylko bezpośrednio na czynność jelita, ale także na funkcjonowanie całego organizmu:
poprawiają wchłanianie wapnia, magnezu i żelaza.
Suplementacja diety preparatami zawierającymi probiotyki może być uzupełnieniem klasycznej terapii bądź stanowić jej alternatywę u pacjentów uczulonych na sulfasalazynę i mesalazynę. W badaniach klinicznych wykazano skuteczność inuliny, preparatu otrzymanego z babki jajowatej (Plactago ovata), kiełków jęczmienia.
Należy podkreślić, że szczepy wykorzystywane do produkcji jogurtu nie spełniają warunków probiotyku – m.in. przeżycie i zasiedlanie się w środowisku jelita. Obecnie coraz popularniejsza jest żywność funkcjonalna wzbogacona o kultury probiotyków i prebiotyki. Dostępne w handlu produkty, z reguły w nazwie zawierają sugestię, co do składu np. bio-, acti-. Ponieważ produkty żywnościowe mają inny smak, niż produkty naturalne, można w zamian stosować preparaty zawierające żywe bakterie np. Trilac, Lakcid.
Trwają badania mające na celu ustalenie optymalnego składu flory bakteryjnej jelita, wpływu własnej flory gospodarza na skuteczność terapii probiotykami, otrzymaniem szczepów o najskuteczniejszym działaniu, produkcją skutecznych symbiotyków.
Zastosowanie żywności funkcjonalnej w żywieniu ma coraz większe znaczenie w zapobieganiu stanom patologicznym, nie tylko jelita. Wiadomo na przykład, że karmienie piersią zapobiega występowaniu chorób układu pokarmowego u niemowląt m.in. przez naturalną kolonizację jelita przez korzystne szczepy bakterii i dostarczanym w pokarmie kobiecym substancji sprzyjających ich rozwojowi.